Harmful Algae Blog

Ce week-end je serai présent sur la Toile depuis 10 ans ; un anniversaire assez anodin mais qui méritait un petit coup de projecteur sur mon tout premier site web, créé par un vieil ami de Lannion (webmestre). A cette époque, j’étais un tout jeune lycéen passionné d’histoire, de lettres et de langues, très éloigné de toute considération scientifique ! J’avais ainsi créé un langage elfe inspiré en partie du latin. C’est avec plaisir que je découvre que le site est toujours présent !

http://pagesperso-orange.fr/gandalf.blanc/

A l’époque, le web n’était pas 2.0 et plutôt en train d’émerger de la phase 0.9 Il faut donc pardonner le mauvais goût en matière de web-design. Le but n’était alors pas là ! Bonne visite dans mes archives électroniques

Just having rest during a very hard practical session; I have read this post on Tom Roud’s blog and I must confess he’s right I am an experimentalist phd student. I mean, I spend my time at the lab, working on algal culturing or chemistry. I don’t really work on modelling phytoplankton communities, as an exemple. I just stay on my diatom’s model and try to make it produce more and more toxins. Perhaps I’ll contribute to better understand Pseudo-nitzschia’s toxicology ! But I don’t purpose theorical models - not yet.

Sometimes I feel like a famer. I take care of my crops and pray they will grow better and produce more ! I spend my time preparing my soil (culture media ! Agar plates seem like soil, aren’t they ? ) and stocking my seeds, cleaning my farm and waiting for good conditions (cleaned culture chamber and operational bioreactors !). So, when my experiment is on the good way, I feel satisfaction; as a good farmer feels during the harvest.

Well, I think tom’s story is very interesting, as theorists work on conceptual models, waiting for the “great idea”, an exciting suggestion that they will discuss more and more. When their bottle is empty, they restart thinking with this headache pain of their last drunkenness. Theoricists are useful, of course, and experimentalists need them. Their way is clearly linked. As a farmer keeps seeds for next spring, theoricist need always new seeds from experiments. Do you remember La Fontaine’s poem “la cigale et la fourmi” ?

Lorsque l’on cherche à présenter les algues nuisibles (regroupées sous la dénomination de Harmful Algae en anglais), on est soumis à une question cruciale : comment organiser son exposé afin de n’oublier aucune aspect du sujet ? La première méthode, assez simple, consisterait à délimiter deux grands ensembles : les algues toxiques d’un côté, et les algues dont la prolifération cause des dommages à l’écosystème, de l’autre. Cependant certains cas de figure « mixtes » ne seraient pas à exclure ! Et le plan rendrait-il bien la complexité du problème ? Seconde idée, s’intéresser aux symptômes. Fort pertinent pour les espèces toxiques (ASP, DSP, PSP, NSP, CSP) mais déjà plus délicat pour les autres nuisibles (Compétitivité dans le milieu ? Axénies ? Lésions branchiales et digestives chez la faune aquatique ? Autres ?). Enfin, dernière solution, celle du taxonomiste, qui ne manquera pas de vouloir ranger chaque algue dans le bon taxon et de dresser un arbre phylogénétique. Seulement voilà : les algues nuisibles ne forment pas un groupe phylogénétique homogène – mais étant elles mêmes inclues dans un groupe polyphylétique pour le moins artificiel, qui en aurait douté ? Et citer les différents taxons comprenant les 300 espèces nuisibles recensées n’a que peu d’intérêt à première vue. Saut que … Un petit nombre d’espèces (80 à peu près) sont toxiques. Dans ce cas, citer les taxons présente l’avantage de garder en mémoire leur diversité. Ce petit exercice pratique, mis en application, donne la liste suivante :

• Diatomées
• Dinoflagellés
• Haptophytes
• Raphidophytes
• Cyanobactéries

Une liste détaillant ces espèces est d’ailleurs proposé à l’adresse suivante : http://www.bi.ku.dk/ioc/default.asp

Ce large éventail de familles, représentant aussi bien les Eucaryotes que les Procaryotes, laisse immanquablement songeur : pourquoi ces algues produisent-elles ces toxines ? Sont-elles toutes toxiques pour l’Homme ? Si à la première question je ne pourrais apporter de réponse détaillée, la seconde est déjà plus facile : ces toxines, malgré leur grande diversité chimique, sont toutes capables d’interagir avec des récepteurs membranaires de nos cellules, et d’induire une réponse moléculaire à l’origine de leur toxicité. Ce n’est pas leurs familles taxonomiques ou leur toxicogénèse qui rassemblent ces algues, mais leurs impacts sur l’homme et l’environnement. Et c’est peut-être le seul point commun que nous pourrions leur attribuer (faisons abstraction des généralités biologiques du Vivant, bien entendu !) : toutes focalisent l’attention de centaines de scientifiques autour des mêmes préoccupations : leurs proliférations, leurs origines et leurs conséquences sanitaires.

On y discute de la classification phylogénétique des Animaux. Et plus particulièrement des Cténophores, ces espèces zooplanctoniques (majoritairement) à la biologie si intrigante. Ma première observation de ces charmantes bestioles remonte à un chalutage d’un petit filet à mailles serrées, dans une baie bretonne (mer calme, beau temps de mai, conditions idéales). Les “groseilles de mer” (Pleurobrachia pileus) y pullulaient.

C’est donc avec une petite pointe de nostalgie que je découvre, en naviguant sur Eurekalert, l’annonce du prochain article de Dunn et de son équipe. S’intéressant à un échantillon génétique limité de 29 espèces animales, mais représentant en tout 21 embranchements différents, ce biologiste et son équipe proposent une nouvelle analyse de l’arbre phylogénétique animal. Recueillant un total de 39,9 Mpb de séquences EST à partir des gènes activés dans ces animaux, Dunn et al. ont analysé ce matériel génétique en le comparant aux données génomiques collectées chez 48 autres espèces animales.

Leurs résultats sont pour le moins passionnants, et méritaient bien cette couverture spéciale de Nature ! La dernière fois que je consultais mon exemplaire de la “Classification Phylogénétique” de Lecointre et Le Guyader, je notais que les Cténophores avaient une position phylogénétique encore incertaine. Les analyses de l’ARNr 18S les plaçaient soit en groupe-frère des Cnidaires, soit à la base des Eumétazoaires.

Dunn, pour sa part, vient taper un grand coup dans la fourmilière en proposant que les Cténaires aient divergé des autres animaux … Bien avant les Spongiaires ! Nous ne sommes donc même plus à la base des Eumétazoaires. Un résultat particulièrement intéressant, d’autant plus que la démarche de son équipe n’a pas manqué de retenir mon attention.

Il ne me reste plus qu’à attendre patiemment lundi et le retour au labo, pour télécharger autour d’un bon café la publication de Dunn. En attendant, je retourne à mes rêveries de mer et de groseilles, de ceintures de Vénus et autres Béroés

A lire :

Dunn et al. (2008). Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life. Nature doi:10.1038/nature06614

Editorial du nouveau numéro du “Bulletin Scientifique du site SpectroSciences”, consacré à l’affaire MMR faisant actuellement parler d’elle sur la blogosphère scientifique :

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