En biologie, une population est définie comme un groupe d’individus issus d’une même espèce et s’étant reproduits isolément des autres groupes. Cependant, l’isolation reproductive n’étant pas un sujet d’étude abordable pour des populations éteintes ou asexuées, un autre moyen consiste à évaluer les capacités reproductives à partir du concept d’espèce morphologique (Gosling, 1994). Le phytoplancton présente de larges variations génétiques intraspécifiques (Brand, 1981). Parmi les différents cas de figure existants, j’ai choisi d’illustrer ces propos par l’exemple du Dinophyte Alexandrium, genre dont le découpage en différentes espèces selon des critères morphologiques est critiqué par les analyses génétiques.

En taxonomie distingue-t-on les morphotypes A. catenella, A. tamarense et A. fundyense. Cependant, aucune étude moléculaire n’a permis de les séparer en espèces distinctes (Lilly, 2003). Au terme des travaux de thèse de Lilly, basés sur la comparaison des séquences D1-D2 LSU rDNA de 110 isolats, il a été suggéré que le complexe tamarense comprenait 5 groupes génotypiques. Tous étant toxiques. Leur répartition biogréographique est très large, avec un groupe italien, un groupe tasmanien, un groupe européen, un groupe japonais et un groupe nord-américain (s’étendant de la zone Pacifique nord et Atlantique nord, jusqu’aux côtes de Corée et d’Ecosse).

Un autre exemple (Lundholm & Moestrup, 2006) : Chez A. ostenfeldii, une distribution en clades est également rapportée. Le clade américain se retrouve aussi en Afrique du Sud, et un second clade comprenant trois morphotypes a été mis en évidence en Asie de l’Est (sporadiquement en Océanie et en Méditerranée, soulignant au passage leur dissémination par les activités maritimes humaines).

A. ostenfeldii et A. tamarense semblent donc cosmopolitains, A l’inverse, d’autres espèces, comme A. tamiyaranichii, sont plutôt endémiques. Cette dernière ne se retrouvant, pour sa part, qu’en Asie tropicale du Sud-Est !

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Je serai présent au Forum des Jeunes Océanographes de Banyuls sur Mer, les jeudi et vendredi prochain. J’aurai l’occasion d’y présenter un poster présentant mon sujet de thèse ainsi que mes premiers résultats.

http://www.obs-banyuls.fr/

Ce week-end je serai présent sur la Toile depuis 10 ans ; un anniversaire assez anodin mais qui méritait un petit coup de projecteur sur mon tout premier site web, créé par un vieil ami de Lannion (webmestre). A cette époque, j’étais un tout jeune lycéen passionné d’histoire, de lettres et de langues, très éloigné de toute considération scientifique ! J’avais ainsi créé un langage elfe inspiré en partie du latin. C’est avec plaisir que je découvre que le site est toujours présent !

http://pagesperso-orange.fr/gandalf.blanc/

A l’époque, le web n’était pas 2.0 et plutôt en train d’émerger de la phase 0.9 Il faut donc pardonner le mauvais goût en matière de web-design. Le but n’était alors pas là ! Bonne visite dans mes archives électroniques

Just having rest during a very hard practical session; I have read this post on Tom Roud’s blog and I must confess he’s right I am an experimentalist phd student. I mean, I spend my time at the lab, working on algal culturing or chemistry. I don’t really work on modelling phytoplankton communities, as an exemple. I just stay on my diatom’s model and try to make it produce more and more toxins. Perhaps I’ll contribute to better understand Pseudo-nitzschia’s toxicology ! But I don’t purpose theorical models - not yet.

Sometimes I feel like a famer. I take care of my crops and pray they will grow better and produce more ! I spend my time preparing my soil (culture media ! Agar plates seem like soil, aren’t they ? ) and stocking my seeds, cleaning my farm and waiting for good conditions (cleaned culture chamber and operational bioreactors !). So, when my experiment is on the good way, I feel satisfaction; as a good farmer feels during the harvest.

Well, I think tom’s story is very interesting, as theorists work on conceptual models, waiting for the “great idea”, an exciting suggestion that they will discuss more and more. When their bottle is empty, they restart thinking with this headache pain of their last drunkenness. Theoricists are useful, of course, and experimentalists need them. Their way is clearly linked. As a farmer keeps seeds for next spring, theoricist need always new seeds from experiments. Do you remember La Fontaine’s poem “la cigale et la fourmi” ?

Lorsque l’on cherche à présenter les algues nuisibles (regroupées sous la dénomination de Harmful Algae en anglais), on est soumis à une question cruciale : comment organiser son exposé afin de n’oublier aucune aspect du sujet ? La première méthode, assez simple, consisterait à délimiter deux grands ensembles : les algues toxiques d’un côté, et les algues dont la prolifération cause des dommages à l’écosystème, de l’autre. Cependant certains cas de figure « mixtes » ne seraient pas à exclure ! Et le plan rendrait-il bien la complexité du problème ? Seconde idée, s’intéresser aux symptômes. Fort pertinent pour les espèces toxiques (ASP, DSP, PSP, NSP, CSP) mais déjà plus délicat pour les autres nuisibles (Compétitivité dans le milieu ? Axénies ? Lésions branchiales et digestives chez la faune aquatique ? Autres ?). Enfin, dernière solution, celle du taxonomiste, qui ne manquera pas de vouloir ranger chaque algue dans le bon taxon et de dresser un arbre phylogénétique. Seulement voilà : les algues nuisibles ne forment pas un groupe phylogénétique homogène – mais étant elles mêmes inclues dans un groupe polyphylétique pour le moins artificiel, qui en aurait douté ? Et citer les différents taxons comprenant les 300 espèces nuisibles recensées n’a que peu d’intérêt à première vue. Saut que … Un petit nombre d’espèces (80 à peu près) sont toxiques. Dans ce cas, citer les taxons présente l’avantage de garder en mémoire leur diversité. Ce petit exercice pratique, mis en application, donne la liste suivante :

• Diatomées
• Dinoflagellés
• Haptophytes
• Raphidophytes
• Cyanobactéries

Une liste détaillant ces espèces est d’ailleurs proposé à l’adresse suivante : http://www.bi.ku.dk/ioc/default.asp

Ce large éventail de familles, représentant aussi bien les Eucaryotes que les Procaryotes, laisse immanquablement songeur : pourquoi ces algues produisent-elles ces toxines ? Sont-elles toutes toxiques pour l’Homme ? Si à la première question je ne pourrais apporter de réponse détaillée, la seconde est déjà plus facile : ces toxines, malgré leur grande diversité chimique, sont toutes capables d’interagir avec des récepteurs membranaires de nos cellules, et d’induire une réponse moléculaire à l’origine de leur toxicité. Ce n’est pas leurs familles taxonomiques ou leur toxicogénèse qui rassemblent ces algues, mais leurs impacts sur l’homme et l’environnement. Et c’est peut-être le seul point commun que nous pourrions leur attribuer (faisons abstraction des généralités biologiques du Vivant, bien entendu !) : toutes focalisent l’attention de centaines de scientifiques autour des mêmes préoccupations : leurs proliférations, leurs origines et leurs conséquences sanitaires.

On y discute de la classification phylogénétique des Animaux. Et plus particulièrement des Cténophores, ces espèces zooplanctoniques (majoritairement) à la biologie si intrigante. Ma première observation de ces charmantes bestioles remonte à un chalutage d’un petit filet à mailles serrées, dans une baie bretonne (mer calme, beau temps de mai, conditions idéales). Les “groseilles de mer” (Pleurobrachia pileus) y pullulaient.

C’est donc avec une petite pointe de nostalgie que je découvre, en naviguant sur Eurekalert, l’annonce du prochain article de Dunn et de son équipe. S’intéressant à un échantillon génétique limité de 29 espèces animales, mais représentant en tout 21 embranchements différents, ce biologiste et son équipe proposent une nouvelle analyse de l’arbre phylogénétique animal. Recueillant un total de 39,9 Mpb de séquences EST à partir des gènes activés dans ces animaux, Dunn et al. ont analysé ce matériel génétique en le comparant aux données génomiques collectées chez 48 autres espèces animales.

Leurs résultats sont pour le moins passionnants, et méritaient bien cette couverture spéciale de Nature ! La dernière fois que je consultais mon exemplaire de la “Classification Phylogénétique” de Lecointre et Le Guyader, je notais que les Cténophores avaient une position phylogénétique encore incertaine. Les analyses de l’ARNr 18S les plaçaient soit en groupe-frère des Cnidaires, soit à la base des Eumétazoaires.

Dunn, pour sa part, vient taper un grand coup dans la fourmilière en proposant que les Cténaires aient divergé des autres animaux … Bien avant les Spongiaires ! Nous ne sommes donc même plus à la base des Eumétazoaires. Un résultat particulièrement intéressant, d’autant plus que la démarche de son équipe n’a pas manqué de retenir mon attention.

Il ne me reste plus qu’à attendre patiemment lundi et le retour au labo, pour télécharger autour d’un bon café la publication de Dunn. En attendant, je retourne à mes rêveries de mer et de groseilles, de ceintures de Vénus et autres Béroés

A lire :

Dunn et al. (2008). Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life. Nature doi:10.1038/nature06614

Editorial du nouveau numéro du “Bulletin Scientifique du site SpectroSciences”, consacré à l’affaire MMR faisant actuellement parler d’elle sur la blogosphère scientifique :

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Voici quelques mois était lancée la pétition “OGM je dis non“, par la revue l’Ecologiste. J’envoyais alors une lettre ouverte à Thierry Jaccaud, son rédacteur en chef, et un des initiateurs de la pétition. Je n’ai pas reçu de réponses à ce jour.

 

J’ai décidé de publier une nouvelle version de la lettre, plus complète, sur ce blog :

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Depuis quelques temps, je souhaite mettre en place une démarche qualité pour la culture d’algues au laboratoire. L’idée n’est pas de “juger” la démarche actuelle, qui est tout à fait acceptable, mais d’améliorer les points faibles que j’ai pu identifier, notamment en matière d’entretien et de traçabilité du matériel.

En effet, différents stagiaires et thésards utilisent du matériel fragile et coûteux, comme les enceintes bio-réacteurs ou les différentes sondes des régulateurs pH et température. De plus, les salles de culture sont interdites au public et les services d’entretien ne les nettoient pas. Cette tâche est à la charge des agents du laboratoire.

Je souhaite instaurer des fiches d’entretien et d’activité, permettant de savoir à tout moment qui utilise les salles, pour quelles expériences et qui a effectué les tâches d’entretien collectives. Mon encadrante, quant à elle, reste sceptique et considère qu’il s’agit là de “flicage” et que chacun est assez adulte pour prendre ses responsabilités. Pour ma part je trouve que l’expérience prouve que non, pas toujours !

Et vous, dans vos laboratoires, comment se passe la démarche qualité ? Avez-vous des témoignages vécus ?

Peut-être connaissez-vous déjà SpectroSciences, le portail web que j’ai créé voici presque 3 ans, et qui poursuit son bonhomme de chemin vers un projet associatif. Ce week-end, je suis heureux de vous annoncer le lancement de notre bulletin de liaison scientifique. Au programme, les dernières actualités scientifiques publiées sur notre site, une section “tribune libre” et l’inévitable rubrique “courrier des lecteurs”. Pour le premier numéro, mon billet précédent a été rajouté en tribune libre !

Le bulletin en format pdf fait 4 pages (rapide à lire avec un café ), nous avons commencé à le diffuser dans nos labos respectifs et les retours sont plutôt bons. N’hésitez pas à m’en faire des retours, c’est très utile pour nous et cela nous fait toujours plaisir Prochain travail : achever le compte-rendu de la table-ronde des blogs sciences (nov. 2007) qui avance bien. Et lancer l’atelier 2008 !