Harmful Algae Blog

On y discute de la classification phylogénétique des Animaux. Et plus particulièrement des Cténophores, ces espèces zooplanctoniques (majoritairement) à la biologie si intrigante. Ma première observation de ces charmantes bestioles remonte à un chalutage d’un petit filet à mailles serrées, dans une baie bretonne (mer calme, beau temps de mai, conditions idéales). Les “groseilles de mer” (Pleurobrachia pileus) y pullulaient.

C’est donc avec une petite pointe de nostalgie que je découvre, en naviguant sur Eurekalert, l’annonce du prochain article de Dunn et de son équipe. S’intéressant à un échantillon génétique limité de 29 espèces animales, mais représentant en tout 21 embranchements différents, ce biologiste et son équipe proposent une nouvelle analyse de l’arbre phylogénétique animal. Recueillant un total de 39,9 Mpb de séquences EST à partir des gènes activés dans ces animaux, Dunn et al. ont analysé ce matériel génétique en le comparant aux données génomiques collectées chez 48 autres espèces animales.

Leurs résultats sont pour le moins passionnants, et méritaient bien cette couverture spéciale de Nature ! La dernière fois que je consultais mon exemplaire de la “Classification Phylogénétique” de Lecointre et Le Guyader, je notais que les Cténophores avaient une position phylogénétique encore incertaine. Les analyses de l’ARNr 18S les plaçaient soit en groupe-frère des Cnidaires, soit à la base des Eumétazoaires.

Dunn, pour sa part, vient taper un grand coup dans la fourmilière en proposant que les Cténaires aient divergé des autres animaux … Bien avant les Spongiaires ! Nous ne sommes donc même plus à la base des Eumétazoaires. Un résultat particulièrement intéressant, d’autant plus que la démarche de son équipe n’a pas manqué de retenir mon attention.

Il ne me reste plus qu’à attendre patiemment lundi et le retour au labo, pour télécharger autour d’un bon café la publication de Dunn. En attendant, je retourne à mes rêveries de mer et de groseilles, de ceintures de Vénus et autres Béroés

A lire :

Dunn et al. (2008). Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life. Nature doi:10.1038/nature06614

Editorial du nouveau numéro du “Bulletin Scientifique du site SpectroSciences”, consacré à l’affaire MMR faisant actuellement parler d’elle sur la blogosphère scientifique :

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Voici quelques mois était lancée la pétition “OGM je dis non“, par la revue l’Ecologiste. J’envoyais alors une lettre ouverte à Thierry Jaccaud, son rédacteur en chef, et un des initiateurs de la pétition. Je n’ai pas reçu de réponses à ce jour.

 

J’ai décidé de publier une nouvelle version de la lettre, plus complète, sur ce blog :

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Depuis quelques temps, je souhaite mettre en place une démarche qualité pour la culture d’algues au laboratoire. L’idée n’est pas de “juger” la démarche actuelle, qui est tout à fait acceptable, mais d’améliorer les points faibles que j’ai pu identifier, notamment en matière d’entretien et de traçabilité du matériel.

En effet, différents stagiaires et thésards utilisent du matériel fragile et coûteux, comme les enceintes bio-réacteurs ou les différentes sondes des régulateurs pH et température. De plus, les salles de culture sont interdites au public et les services d’entretien ne les nettoient pas. Cette tâche est à la charge des agents du laboratoire.

Je souhaite instaurer des fiches d’entretien et d’activité, permettant de savoir à tout moment qui utilise les salles, pour quelles expériences et qui a effectué les tâches d’entretien collectives. Mon encadrante, quant à elle, reste sceptique et considère qu’il s’agit là de “flicage” et que chacun est assez adulte pour prendre ses responsabilités. Pour ma part je trouve que l’expérience prouve que non, pas toujours !

Et vous, dans vos laboratoires, comment se passe la démarche qualité ? Avez-vous des témoignages vécus ?

Peut-être connaissez-vous déjà SpectroSciences, le portail web que j’ai créé voici presque 3 ans, et qui poursuit son bonhomme de chemin vers un projet associatif. Ce week-end, je suis heureux de vous annoncer le lancement de notre bulletin de liaison scientifique. Au programme, les dernières actualités scientifiques publiées sur notre site, une section “tribune libre” et l’inévitable rubrique “courrier des lecteurs”. Pour le premier numéro, mon billet précédent a été rajouté en tribune libre !

Le bulletin en format pdf fait 4 pages (rapide à lire avec un café ), nous avons commencé à le diffuser dans nos labos respectifs et les retours sont plutôt bons. N’hésitez pas à m’en faire des retours, c’est très utile pour nous et cela nous fait toujours plaisir Prochain travail : achever le compte-rendu de la table-ronde des blogs sciences (nov. 2007) qui avance bien. Et lancer l’atelier 2008 !